日本サッカー協会ホームページからの抜粋

選手証の取り扱いと選手登録番号について
「選手証」は年度毎更新、「選手登録番号」は不変
 日本サッカー協会の加盟登録制度においては、「選手証」は各年度ごとに更新されますが、「選手登録番号」は不変で種別、チームが変わっても活動を継続する際には引き継がれていくものです。

※選手証とは・・・
 当該年度内に、日本サッカー協会に加盟登録した選手=日本サッカー協会が主催する競技会などに参加できる選手=であることを証明する証で、すべての加盟登録選手に発行されます。有効期限は加盟登録されている年度内1年間で、4月1日から3月31日までとなります。  各年度ごとに加盟登録が承認され次第、「選手証」は加盟登録チームを単位として送付されます。

※選手登録番号とは・・・
 加盟登録した選手ごとに付与される番号。選手証の裏面に記載してあり、選手として活動する間は種別、チームが変わっても継続して用いられます(特別な事情がない限り変わることはない)。  日本サッカー協会では、この選手登録番号によって選手がそのチームに登録されていたか、競技会に参加資格があるかなどの情報を管理しています。
選手の二重登録(重複登録)について
 近年、選手が所属チームを変更する場合、チームと選手間のコミュニケーション不足などから、前登録チームでの登録抹消が行われず、 そのまま前チームの加盟登録選手として登録申請され、その選手が新しいチームでも加盟登録するケース=二重登録(重複登録)=が多くなっています。

「二重登録(重複登録)」は、日本サッカー協会「基本規定」第12章にある「懲罰」の対象となります。

 新年度に際して、チーム代表者および、関係者は、所属する選手に、新年度はどこのチームで活動するのか(前年度と同じ、もしくはどこのチームへの移籍など)、意志確認を行い、その意志に見合った所定の手続きを慎重に行ってください。